โรงเรียนปริยัติสามัญวัดมหาธาตุ เดิมเป็นโรงเรียนพระปริยัติธรรม แผนกบาลี-นักธรรม โดยดำริตั้งของพระเพชรบูรณคณาวสัย (แพ ธมฺมธริโก) อดีตเจ้าคณะจังหวัดเพชรบูรณ์  อดีตเจ้าอาวาสวัดมหาธาตุ พระอารามหลวง สมัยนั้น ต่อมาพระศรีพัชโรดม (สุรินทร์ ชุตินฺธโร ป.ธ.7) รองเจ้าคณะจังหวัดเพชรบูรณ์ เจ้าอาวาสวัดมหาธาตุ พระอารามหลวง (สมณศักดิ์และตำแหน่งในขณะนั้น) ได้มีดำริที่จะให้พระภิกษุสามเณรภายในวัดมหาธาตุ และวัดใกล้เคียงภายในเขตอำเภอเมืองเพชรบูรณ์ ได้มีสถานที่ศึกษาในระบบสายสามัญมากขึ้น จึงจัดตั้งโรงเรียนผู้ใหญ่วัดมหาธาตุ สังกัดกรมการศึกษานอกโรงเรียน โดยจัดให้มีการศึกษาในระดับ 4-5 (เทียบเท่า ม.3-ม.6) 

          ต่อมา ทางมหาเถรสมาคม ได้สนับสนุนให้วัดต่าง ๆ จัดการศึกษาแบบสามัญมากขึ้น แต่ต้องคงเป็นโรงเรียนปริยัติธรรม แผนกบาลี-นักธรรมไว้อยู่ 

          ด้วยเหตุนี้ พระราชพัชราภรณ์ (สุรินทร์ ชุตินฺธโร ป.ธ.7) เจ้าคณะจังหวัดเพชรบูรณ์ (มหานิกาย) เจ้าอาวาสวัดมหาธาตุ พระอารามหลวง และเจ้าสำนักศาสนศึกษาจังหวัดเพชรบูรณ์ ได้สนองดำริดังกล่าว จึงจัดให้มีโรงเรียนปริยัติสามัญวัดมหาธาตุขึ้น ตามจุดประสงค์ดังกล่าว โดยเปิดทำการเรียนการสอน ทั้งแผนกบาลี - นักธรรม และแผนกสามัญศึกษา โรงเรียนปริยัติสามัญวัดมหาธาตุ สังกัดกองพุทธศาสนศึกษา สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เปิดทำการเรียนการสอน ชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น และตอนปลาย ได้รับการอนุญาต และอนุมัติให้เป็นโรงเรียน ในวันที่ 2 เดือน มิถุนายน พุทธศักราช 2541 ได้ชื่ออย่างเป็นทางการว่า "โรงเรียนปริยัติสามัญวัดมหาธาตุ" โดยมี

  1. พระเทพรัตนกวี     ผู้รับใบอนุญาตจัดตั้งโรงเรียน

  2. พระพิศาลพัชรกิจ  ผู้จัดการโรงเรียน

  3. พระศรีพัชโรดม     ผู้อำนวยการโรงเรียน

          โดยเริ่มเปิดการเรียนการสอนในวันที่ 16 เดือน พฤษภาคม พุทธศักราช 2541 โดยเริ่มเรียนตั้งแต่เวลา 08.30 น. ถึงเวลา 15.30 น. เรียนวันละ 8 คาบ คาบละ 50 นาที หยุดเรียนวันเสาร์ และวันอาทิตย์ โดยเปิดเรียนตามระเบียบของกระทรวงศึกษาธิการ