การศึกษาพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา เป็นการศึกษารูปแบบหนึ่งของการศึกษาคณะสงฆ์เป็นการศึกษาที่รัฐกำหนดให้มีขึ้นตามความประสงค์ของการศึกษา คณะสงฆ์เป็นการศึกษาที่รัฐกำหนดให้มีขึ้นตามความประสงค์ของ (พระราชวรมุนี ๒๕๒๑ : ๓๕๕) ซึ่งมีมูลเหตุสืบเนื่องมาจากการจัดตั้งโรงเรียนบาลีมัธยมศึกษาและบาลีวิสามัญศึกษาสำนักเรียนวัดกล่าวคือภายหลังจากที่การศึกษาในมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง คือ มหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย และสภาการศึกษามหามงกุฎราชวิทยาลัย ซึ่งเปิดดำเนินการมาตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๔๓๒ และ พ.ศ. ๒๔๘๙ ตามลำดับ ได้เจริญก้าวหน้ามากขึ้น ทางมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย จึงได้จัดแผนกมัธยมขึ้นมา เรียกว่าโรงเรียนบาลีมัธยมศึกษากำหนดให้การเรียนบาลี นักธรรม และความรู้ชั้นมัธยม โดยรับรู้ผู้ที่สำเร็จชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔ ต่อมาเมื่อโรงเรียนบาลีมัธยมศึกษานี้ได้แพร่ขยายออกไปยังต่างจังหวัดหลายแห่งมีพระภิกษุ และสามเณรเรียนกันมาก ทางคณะสงฆ์โดยองค์การศึกษาจึงได้กำหนดให้เรียกโรงเรียนประเภทนี้ใหม่ว่า โรงเรียนบาลีวิสามัญศึกษาสำนักเรียนวัด โดยมติคณะสังฆมนตรี และกระทรวงศึกษาธิการ ได้ออกระเบียบกระทรวงให้โรงเรียนบาลีวิสามัญศึกษาสำนักเรียนวัดนี้ เปิดทำการสอบสมทบในชั้นตัวประโยค คือ ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ ได้ตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๐๐ เป็นต้นมา และเมื่อสอบได้แล้วจะได้รับประกาศนียบัตรจากกระทรวงศึกษาธิการอีกด้วย ด้วยเหตุนี้จึงทำให้พระภิกษุและสามเณรนิยมเรียนกันมากโรงเรียนประเภทนี้จึงแพร่หลายออกไปยังจังหวัดต่างๆ อย่างกว้างขวาง จนทำให้ทางการคณะสงฆ์เกรงว่าการศึกษาธรรม และบาลีจะเสื่อมลง เพราะพระภิกษุและสามเณรต่างมุ่งศึกษาวิชาทางโลกมากไป เป็นเหตุให้ต้องละทิ้งการศึกษาธรรมและบาลีเสีย แต่ทางการคณะสงฆ์ก็ยังพิจารณาเห็นความจำเป็นของการศึกษาวิชาในทางโลกอยู่
          ดังนั้นแม่กองบาลีสนามหลวง พระธรรมปัญญาบดี (สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ ฟื้น ชุตินฺธรมหาเถระ) จึงได้ตั้งคณะกรรมการ ปรับปรุงหลักสูตรการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกบาลีขึ้นใหม่มีวิชาบาลี วิชาธรรม และวิชาทางโลก เรียกว่า บาลีศึกษาสามัญศึกษา และปริทัศน์ศึกษา ได้ประกาศเมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๗ พร้อมกับได้ยกเลิกระเบียบของคณะสังฆมนตรีว่าด้วยการศึกษาของโรงเรียนบาลีวิสามัญศึกษาสำนักเรียนวัดเสีย และกำหนดให้พระภิกษุสามเณรเรียนหระปริยัติธรรมแผนกบาลีที่คณะสงฆ์ได้จัดขึ้นใหม่ แต่การณ์ปรากฏต่อมาว่า การตั้งสำนักเรียนตามแบบโรงเรียนพระปริยัติธรรม แผนกบาลีใหม่มีน้อย นักเรียนก็นิยมเรียนกันน้อย เพราะภิกษุสามเณรส่วนใหญ่ยังพอใจที่จะเรียน โดยได้รับประกาศนียบัตรจากกระทรวงศึกษาธิการอยู่ ดังนั้น นักเรียนในโรงเรียนดังกล่าว จึงได้พากันเข้าชื่อกันเป็นนักเรียนโรงเรียนราษฎร์ของวัดซึ่งตั้งขึ้นโดยระเบียบกระทรวงศึกษาธิการบ้าง สมัครสอบเทียบบ้าง เข้าเป็นนักเรียนผู้ใหญ่บ้าง ทำให้การศึกษาของคณะสงฆ์ในช่วงนี้ระยะนั้นเกิดความสับสนเป็นอันมาก (กรมการศาสนา ๒๕๒๑ : ๗-๙)
          ในขณะเดียวกันได้มีผู้แทนราษฎรได้ยื่นเรื่องราวขอให้กระทรวงศึกษาธิการ เปิดการสอบสมทบในชั้นตัวประโยคให้แก่พระภิกษุสามเณร แต่กรมการศาสนาร่วมกับกรมต่างๆ ที่เกี่ยวข้องได้พิจารณาลงความเห็นร่วมกันว่าควรจะตั้งโรงเรียนขึ้นประเภทหนึ่ง เพื่อสนองความต้องการของพระภิกษุสามเณร โดยให้เรียนทั้งวิชาธรรม และวิชาสามัญศึกษาควบคู่กันไป โดยไม่มีการสอบสมทบ แต่ให้กระทรวงศึกษาธิการดำเนินการสอบเอง และโดยพระปรารภของสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก (จวน อุฎฐายีมหาเถระ) “การศึกษาทางโลกเจริญก้าวหน้ามากขึ้นตามความเปลี่ยนแปลงของโลก การศึกษาพระปริยัติธรรม ก็จำเป็นต้องอนุวัตรไปตามความเปลี่ยนแปลงของโลกบ้าง จึงเห็นสมควรที่จะมี หลักสูตรในการเรียนพระปริยัติธรรมเพิ่มขึ้นอีกแผนกหนึ่ง คือ หลักสูตรพระปริยัติธรรมแผนกสามัญศึกษา ทั้งนี้ เพื่อให้ผู้ศึกษาได้มีโอกาสบำเพ็ญตนให้เป็นประโยชน์ได้ทั้งทางโลกและทางธรรมควบคู่กันไป”
          ในที่สุด กระทรวงศึกษาธิการจึงได้ประกาศใช้ระเบียบกระทรวงศึกษาธิการ ว่าด้วยโรงเรียนพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษาขึ้น เมื่อวันที่ ๒๐ กรกฎาคม ๒๕๑๔ และระเบียบกระทรวงศึกษาธิการว่าด้วยโรงเรียนพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา พ.ศ. ๒๕๓๕ (ปัจจุบันใช้ระเบียบสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ว่าด้วยโรงเรียนพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา พ.ศ. ๒๕๔๖) โดยมีวัตถุประสงค์ที่จะทำให้การศึกษาในโรงเรียนดังกล่าวเป็นประโยชน์ต่อฝ่ายศาสนจักร และฝ่ายบ้านเมือง กล่าวคือ ทางฝ่ายศาสนจักรจะได้ศาสนทายาทที่ดี มีความรู้ความเข้าใจในหลักธรรมทางพระพุทธศาสนาอย่างแท้จริง เป็นผู้ประพฤติดีปฏิบัติชอบ ดำรงอยู่ในสมณธรรม สมควรแก่ภาวะ สามารถธำรงและสืบต่อพระพุทธศาสนาให้เจริญสถาพรต่อไป และถ้าหากพระภิกษุสามเณรเหล่านี้ลาสิกขาบทไปแล้ว สามารถเข้าศึกษาต่อในสถานศึกษาของรัฐได้ หรือเข้าราชการสร้างประโยชน์ให้ก้าวหน้าให้แก่ตนเองและบ้านเมืองสืบต่อไปด้วยเช่นกัน ในระยะเริ่มแรกมีเจ้าอาวาส ๕๑ แห่งรายงานเสนอจัดตั้งต่อกรมศาสนา (คู่มือการปฏิบัติงานโรงเรียนพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา วิชัย ธรรมเจริญ, ๒๕๔๑ : ๓-๔)
              เดิมนั้นโรงเรียนพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา สังกัดกรมศาสนา กระทรวงศึกษาธิการปัจจุบัน สังกัดกองพุทธศาสนศึกษา สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ และจัดการศึกษาตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน และศึกษารายวิชาเพิ่มเติม ภาษาบาลีและธรรมวินัย ภายใต้กฎกระทรวงว่าด้วยสิทธิในการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน โดยสถาบันพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๔๘